Die Struktur des Kfz-Regiment 2 orientiert sich aufgrund der Besonderheiten der zu erfüllenden Aufgaben (Sicherstellung des Fahrdienstes für das MfNV) nicht an der typischen NVA-Struktur. Denn es fehlte die Bataillons-Ebene, normalerweise gebildet aus jeweils drei Kompanien.
Damit ergab sich eine übersichtliche Struktur:
Unterbringung des Kfz-Regiment 2
Das Kfz-Regiment war an verschiedenen Standorten untergebracht:
| 1. | Hauptstandort Prötzeler Chaussee | 1. Kompanie 2. Kompanie 3. Kompanie 5. Kompanie 6. Kompanie 7. Kompanie 8. Kompanie 9. Kompanie |
| 2. | Garagenkomplex Wriezener Straße (Wohnheim) | Teile der 1. Kompanie |
| 3. | Außenstelle Berlin | 4. Kompanie |
